Swyddogaeth graidd pilenni MBR yw cyfuno triniaeth fiolegol â thechnoleg gwahanu pilenni, ar yr un pryd gyflawni diraddio llygryddion a gwahanu hylif solet yn ystod triniaeth dŵr gwastraff, gan ddisodli prosesau tanc gwaddodi eilaidd traddodiadol.
Swyddogaeth bwysicaf pilenni MBR yw gwahaniad hylif solet yn effeithlon. Mae'n gwahanu llaid wedi'i actifadu yn llwyr oddi wrth ddŵr wedi'i drin trwy ficro-hidlo neu bilenni uwch-hidlo, gan arwain at elifiant bron yn rhydd o solidau crog a gronynnau llaid. Mae'r dull gwahanu hwn yn fwy trylwyr na gwaddodiad traddodiadol, gan gynhyrchu ansawdd elifiant mwy sefydlog ac yn effeithiol osgoi amrywiadau triniaeth a achosir gan swmpio llaid.
Mae pilenni MBR yn gwella effeithlonrwydd triniaeth fiolegol yn sylweddol. Oherwydd y gall y modiwl bilen gadw llaid yn yr adweithydd yn llwyr, gall y system gynnal crynodiad llaid uwch ac oedran llaid hirach, a thrwy hynny wella'r gallu i ddiraddio llygryddion organig, nitrogen amonia a llygryddion eraill. Mae hyn yn gwneud y system driniaeth fiolegol gyffredinol yn fwy pwerus a gall leihau'r ôl troed yn sylweddol.
Mae gan bilenni MBR hefyd swyddogaethau ailddefnyddio elifion ac adennill adnoddau. Mae dŵr sy'n cael ei drin gan MBRs fel arfer yn bodloni safonau uchel a gellir ei ddefnyddio'n uniongyrchol ar gyfer defnydd dŵr amrywiol trefol, dyfrhau gwyrdd, neu ailddefnyddio diwydiannol. Mewn rhanbarthau sydd ag adnoddau dŵr prin neu safonau allyriadau llym, mae technoleg MBR wedi dod yn ddull technolegol pwysig ar gyfer trin ac ailddefnyddio dŵr gwastraff uwch.